CPU通过读取到的内容指挥手机工作，这就要求软件内容必须正确，不能有丝毫的差错，遇到软件故障应按以下方法进行处理。
一、缩小范围
    判断故障需先将故障范围缩小，并要确定故障类型，即属于硬件故障(如存储器本身损坏)还是内部软件故障。若是硬件故障，在确保其无焊接不良的情况下，应对其进行更换。或是软件故障，必须用软件维修仪来重新写软件；维修实践中发现，手机的软件故障绝大多数出在码片，且多数是芯片中的数据丢失或出错。
二、处理故障
    手机出现软件故障，有免拆机和拆机两种方式进行处理，下面介绍两种方式的特点。免拆机方式就是借助专门的软件维修设备，配合电脑，在不拆机的情况下对手机软件故障进行处理，比如目前较好的全功能数码手，机软件故障维修仪(BOX王)，可处理如锁机、显示“联系服务商”、“话机坏，请送修”、“输入保密码”、“软件坏”、“不识卡”、“不入网”、“黑屏”、“低电报警”等故障，用免拆机方式处理软件故障很方便，不用拆机，不改变手机的串号IMEI，对手机内部电路也无甚影响。
    免拆机处理方式并不是万能的，如果手机不能开机或是碰到其它一些没有免拆机处理程序的品牌的手机；遇到软件故障只有将手机的码片或字库用热风枪吹下，用万能编程器(如LABTOOL-48)，配电脑进行重写(电脑中事先应存有各种手机的数据资料)，即用电脑内已有的正常数据覆盖故障手机中的数据，如果找不到故障手机同型号的数据，则只有自己进行扩充，需先找一台同型号手机，将其码片拆下，用编程器读出其中数据，存进电脑即可。
    拆机软件维修仪不适用于码片和版本合二为一的机型(如摩托罗拉L2000、西门子2588、摩托罗拉T2688等)。
    无论用免拆机软件维修仪还是用拆机软件维修仪，写资料前都要查看手机的版本，即使是同一类型的手机，
    由于其生产日期和产地的不同，其版本号可能不同，所以，在维修手机过程中，对软件的处理一定要核对其版本，否则会造成不开机或某些功能失效等故障。
    另外，很多手机的字库采用了BGA封装，如果没有十分的把握，特别是初学者就千万不要去动他，因为BGA封装的集成电路对焊接技术要求较高，在重装时要使用专门的焊接工具(BGA置锡工具)，否则会越修越复杂。